MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Candidatus Riesia pediculicola USDA plasmid pPAN

Total Repeats: 229

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013962	TCT	2	6	13	18	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_013962	GAA	2	6	22	27	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_013962	GAAA	2	8	33	40	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_013962	T	11	11	66	76	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_013962	A	9	9	78	86	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_013962	GAA	3	9	119	127	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493921
7	NC_013962	GAA	3	9	167	175	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493921
8	NC_013962	TGC	2	6	188	193	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292493921
9	NC_013962	GGAA	3	12	232	243	50 %	0 %	50 %	0 %	292493921
10	NC_013962	T	6	6	398	403	0 %	100 %	0 %	0 %	292493921
11	NC_013962	AGG	2	6	473	478	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292493921
12	NC_013962	GTTG	2	8	481	488	0 %	50 %	50 %	0 %	292493921
13	NC_013962	GA	3	6	501	506	50 %	0 %	50 %	0 %	292493921
14	NC_013962	TTC	2	6	599	604	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493921
15	NC_013962	GAA	2	6	613	618	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493921
16	NC_013962	TCT	2	6	645	650	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493921
17	NC_013962	CGAA	2	8	682	689	50 %	0 %	25 %	25 %	292493921
18	NC_013962	GTTC	2	8	891	898	0 %	50 %	25 %	25 %	292493921
19	NC_013962	CAT	2	6	1035	1040	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292493922
20	NC_013962	CAA	2	6	1049	1054	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	292493922
21	NC_013962	GAT	2	6	1083	1088	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292493922
22	NC_013962	T	6	6	1119	1124	0 %	100 %	0 %	0 %	292493922
23	NC_013962	GA	4	8	1159	1166	50 %	0 %	50 %	0 %	292493922
24	NC_013962	AGA	3	9	1164	1172	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493922
25	NC_013962	GATT	2	8	1194	1201	25 %	50 %	25 %	0 %	292493922
26	NC_013962	GTT	2	6	1231	1236	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292493922
27	NC_013962	T	8	8	1244	1251	0 %	100 %	0 %	0 %	292493922
28	NC_013962	GAA	2	6	1255	1260	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493922
29	NC_013962	AGA	2	6	1317	1322	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493922
30	NC_013962	ATC	2	6	1390	1395	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292493922
31	NC_013962	CTT	2	6	1400	1405	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493922
32	NC_013962	TTA	2	6	1438	1443	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	292493922
33	NC_013962	AGT	2	6	1485	1490	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292493922
34	NC_013962	AAGG	2	8	1513	1520	50 %	0 %	50 %	0 %	292493922
35	NC_013962	TCT	2	6	1545	1550	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493922
36	NC_013962	GAA	2	6	1558	1563	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493922
37	NC_013962	GTT	2	6	1603	1608	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292493922
38	NC_013962	CCT	2	6	1629	1634	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	292493922
39	NC_013962	AGA	2	6	1666	1671	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493922
40	NC_013962	TCG	2	6	1688	1693	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292493922
41	NC_013962	T	6	6	1701	1706	0 %	100 %	0 %	0 %	292493922
42	NC_013962	TC	4	8	1717	1724	0 %	50 %	0 %	50 %	292493922
43	NC_013962	TTC	2	6	1737	1742	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493922
44	NC_013962	T	7	7	1760	1766	0 %	100 %	0 %	0 %	292493922
45	NC_013962	TGAT	2	8	1796	1803	25 %	50 %	25 %	0 %	292493922
46	NC_013962	T	6	6	1841	1846	0 %	100 %	0 %	0 %	292493923
47	NC_013962	T	6	6	1848	1853	0 %	100 %	0 %	0 %	292493923
48	NC_013962	A	6	6	1939	1944	100 %	0 %	0 %	0 %	292493923
49	NC_013962	CTT	2	6	2069	2074	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493924
50	NC_013962	AGG	2	6	2138	2143	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292493924
51	NC_013962	TC	3	6	2153	2158	0 %	50 %	0 %	50 %	292493924
52	NC_013962	TGA	2	6	2174	2179	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292493924
53	NC_013962	TTC	2	6	2196	2201	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493924
54	NC_013962	GAA	2	6	2212	2217	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493924
55	NC_013962	GAA	2	6	2220	2225	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493924
56	NC_013962	CATT	2	8	2227	2234	25 %	50 %	0 %	25 %	292493924
57	NC_013962	ATCA	2	8	2305	2312	50 %	25 %	0 %	25 %	292493924
58	NC_013962	AGAAAA	2	12	2364	2375	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	292493924
59	NC_013962	AAG	2	6	2380	2385	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493924
60	NC_013962	TCGA	2	8	2389	2396	25 %	25 %	25 %	25 %	292493924
61	NC_013962	GGAT	2	8	2431	2438	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_013962	GAA	3	9	2442	2450	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_013962	TCCCT	2	10	2453	2462	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
64	NC_013962	CATC	2	8	2464	2471	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
65	NC_013962	C	6	6	2471	2476	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
66	NC_013962	CTC	3	9	2486	2494	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
67	NC_013962	ACT	2	6	2546	2551	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_013962	AG	3	6	2594	2599	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
69	NC_013962	TCCT	2	8	2672	2679	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_013962	CTTTT	2	10	2703	2712	0 %	80 %	0 %	20 %	292493925
71	NC_013962	CT	3	6	2756	2761	0 %	50 %	0 %	50 %	292493925
72	NC_013962	TC	3	6	2819	2824	0 %	50 %	0 %	50 %	292493925
73	NC_013962	TGT	2	6	2832	2837	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292493925
74	NC_013962	CAAG	2	8	2873	2880	50 %	0 %	25 %	25 %	292493925
75	NC_013962	T	8	8	2927	2934	0 %	100 %	0 %	0 %	292493925
76	NC_013962	CTT	2	6	2970	2975	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493925
77	NC_013962	AC	3	6	3019	3024	50 %	0 %	0 %	50 %	292493925
78	NC_013962	TGT	2	6	3027	3032	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292493925
79	NC_013962	T	6	6	3099	3104	0 %	100 %	0 %	0 %	292493925
80	NC_013962	GATC	2	8	3133	3140	25 %	25 %	25 %	25 %	292493925
81	NC_013962	CGA	2	6	3151	3156	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292493925
82	NC_013962	GAA	2	6	3275	3280	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493925
83	NC_013962	CGTC	2	8	3302	3309	0 %	25 %	25 %	50 %	292493925
84	NC_013962	TCT	2	6	3313	3318	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493925
85	NC_013962	CTA	2	6	3399	3404	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292493925
86	NC_013962	TCG	2	6	3418	3423	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292493925
87	NC_013962	TCC	2	6	3464	3469	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	292493925
88	NC_013962	AGA	2	6	3478	3483	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493925
89	NC_013962	TCA	2	6	3507	3512	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292493925
90	NC_013962	TGAT	2	8	3523	3530	25 %	50 %	25 %	0 %	292493925
91	NC_013962	TGA	2	6	3536	3541	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_013962	AAG	2	6	3558	3563	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493926
93	NC_013962	TCGA	2	8	3567	3574	25 %	25 %	25 %	25 %	292493926
94	NC_013962	GGAT	2	8	3609	3616	25 %	25 %	50 %	0 %	292493926
95	NC_013962	GAA	3	9	3620	3628	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493926
96	NC_013962	TCCCT	2	10	3631	3640	0 %	40 %	0 %	60 %	292493926
97	NC_013962	CATC	2	8	3642	3649	25 %	25 %	0 %	50 %	292493926
98	NC_013962	C	6	6	3649	3654	0 %	0 %	0 %	100 %	292493926
99	NC_013962	CTC	3	9	3664	3672	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	292493926
100	NC_013962	ACT	2	6	3724	3729	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_013962	AG	3	6	3772	3777	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_013962	TCCT	2	8	3850	3857	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_013962	CTTTT	2	10	3881	3890	0 %	80 %	0 %	20 %	292493927
104	NC_013962	CT	3	6	3934	3939	0 %	50 %	0 %	50 %	292493927
105	NC_013962	TC	3	6	3997	4002	0 %	50 %	0 %	50 %	292493927
106	NC_013962	TGT	2	6	4010	4015	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292493927
107	NC_013962	CAAG	2	8	4051	4058	50 %	0 %	25 %	25 %	292493927
108	NC_013962	T	8	8	4105	4112	0 %	100 %	0 %	0 %	292493927
109	NC_013962	CTT	2	6	4148	4153	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493927
110	NC_013962	AC	3	6	4197	4202	50 %	0 %	0 %	50 %	292493927
111	NC_013962	TGT	2	6	4205	4210	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292493927
112	NC_013962	T	6	6	4277	4282	0 %	100 %	0 %	0 %	292493927
113	NC_013962	GATC	2	8	4311	4318	25 %	25 %	25 %	25 %	292493927
114	NC_013962	CGA	2	6	4329	4334	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292493927
115	NC_013962	GAA	2	6	4453	4458	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493927
116	NC_013962	CGTC	2	8	4480	4487	0 %	25 %	25 %	50 %	292493927
117	NC_013962	TCT	2	6	4491	4496	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493927
118	NC_013962	CTA	2	6	4577	4582	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292493927
119	NC_013962	TCG	2	6	4596	4601	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292493927
120	NC_013962	TCC	2	6	4642	4647	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	292493927
121	NC_013962	AGA	2	6	4656	4661	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493927
122	NC_013962	TCA	2	6	4685	4690	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292493927
123	NC_013962	TGAT	2	8	4701	4708	25 %	50 %	25 %	0 %	292493927
124	NC_013962	TGA	2	6	4714	4719	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_013962	AAG	2	6	4736	4741	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493928
126	NC_013962	TCGA	2	8	4745	4752	25 %	25 %	25 %	25 %	292493928
127	NC_013962	GGAT	2	8	4787	4794	25 %	25 %	50 %	0 %	292493928
128	NC_013962	GAA	3	9	4798	4806	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493928
129	NC_013962	TCCCT	2	10	4809	4818	0 %	40 %	0 %	60 %	292493928
130	NC_013962	CATC	2	8	4820	4827	25 %	25 %	0 %	50 %	292493928
131	NC_013962	C	6	6	4827	4832	0 %	0 %	0 %	100 %	292493928
132	NC_013962	CTC	3	9	4842	4850	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	292493928
133	NC_013962	ACT	2	6	4902	4907	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_013962	AG	3	6	4950	4955	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_013962	TCCT	2	8	5028	5035	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
136	NC_013962	CTTTT	2	10	5059	5068	0 %	80 %	0 %	20 %	292493929
137	NC_013962	T	7	7	5172	5178	0 %	100 %	0 %	0 %	292493929
138	NC_013962	GAG	2	6	5203	5208	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292493929
139	NC_013962	T	6	6	5212	5217	0 %	100 %	0 %	0 %	292493929
140	NC_013962	ATCG	2	8	5235	5242	25 %	25 %	25 %	25 %	292493929
141	NC_013962	CT	3	6	5283	5288	0 %	50 %	0 %	50 %	292493929
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.